? 22. července
? 12:00 – 13:00 UTC
Reproduktor: Matthew Bashton
Označení: Vrchní vicekancléři Fellow
Přidružení: Centrum pro biotechnologii v zastavěném prostředí, Katedra aplikovaných věd, Fakulta zdravotnictví a přírodních věd, Northumbrijská univerzita, Newcastle upon Tyne, Velká Británie
Dr Matthew Bashton je vedoucí bioinformatik týmu COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) na Northumbrijské univerzitě. Jeho přednáška popíše nastavení softwaru a prostředí používané v Northumbrii pro poskytování jejich genomického řešení COVID-19, variant a klasifikace linie, včetně vyvinutých potrubí a dalších nástrojů používaných v COG-UK. Tým v Northumbrii úspěšně sekvenoval více než 16,000 19 genomů COVID-XNUMX, které přispívají jak ke sledování genomu na národní úrovni, tak k účasti na vyšetřování místních ohnisek, kde genomika pomohla sledovat šíření viru mezi lidmi a informovat o úsilí o kontrolu infekce. Matthew bude hovořit o výzvě budování a údržby produkčního softwarového prostředí, jak jej používáte, v rychle se rozvíjejícím a neustále se vyvíjejícím prostředí.
Dr Matthew Bashton je počítačový biolog s rozsáhlými zkušenostmi v oblasti bio-, chemo- a klinické informatiky se specifickými odbornými znalostmi v oblastech proteinových domén, proteinové struktury a funkce, interakcí ligand-protein, vysoce výkonné sekvenční analýzy, genomové analýzy a biomarkerů. objev.
Matthew získal bakalářský titul v oboru biochemie na Newcastle University; jeho PhD byl v oblasti strukturní genomiky v MRC Laboratory of Molecular Biology v Cambridge ve skupině Dr. Cyrus Cothia FRS. Jeho doktorát se zaměřil na to, jak se různé rodiny proteinových domén spojují geometricky a gramaticky, aby realizovaly funkce na úrovni celého proteinu.
Matthew pracoval jako výzkumník Fellow ve skupině profesorky Dame Janet Thornton FRS v Evropském bioinformatickém institutu (EBI); zde byl součástí konsorcia Středozápadního centra pro strukturní genomiku (MCSG) financovaného americkým ministerstvem energetiky. Během svého působení v EBI Matthew vyvinul databázi PROCOGNATE, která propojuje rodiny proteinových domén s rozsahem příbuzných ligandů, na které se vážou. Pracoval také na detektoru malých molekulárních podgrafů (SMSD), který umožňuje rychlé a přesné porovnávání chemických podobností a fragmentů na 2D grafu. Po svém působení v EBI Matthew pracoval v podpůrné jednotce bioinformatiky na Newcastleské univerzitě, kde získal rozsáhlé zkušenosti s prací s daty vysoce výkonného sekvenování (HTS) na řadě omických projektů s mnoha různými hlavními výzkumníky na lékařské fakultě. Poté přešel do výzkumu genomiky rakoviny v Severním institutu pro výzkum rakoviny (NICR) v Newcastlu, kde vyvinul řadu analytických postupů HPC pro analýzu somatického genomu a exomu, spolu s projekty klasifikace rizik a podskupin založenými na biomarkerech u pediatrických mozkových nádorů a leukémie.
Matthew nyní pracuje v rámci multidisciplinárního centra pro biotechnologie ve vybudovaném prostředí (HBBE) a spolupracuje s řadou designérů, architektů, inženýrů a syntetických a molekulárních biologů na zlepšení konstrukce budov, udržitelnosti a environmentálního zdraví zastavěného prostředí pomocí biologie.
V letech 2020–2021 se Matthew stal členem britského genomického úsilí COVID-19, který společně s týmem na Northumbrijské univerzitě sekvenoval 16,000 19 genomů COVID-7 ze XNUMX různých nemocničních trustů na severovýchodě a v Cumbrii.
